In the 1804 French constitutional referendum, more than 99% of the electorate voted to elevate Napoleon to Emperor. Was this vote fixed?

I'm no expert, but I believe I found a couple of sources that contribute to answering the question - I'll translate them.

Original French: "Le recueil systématique des votes par écrit n’est pas sans danger pour le régime, car il ne peut plus être question, comme cela a pu se produire antérieurement, de faire un décompte avantageux et globalisant des votes favorables quand ceux-ci ont été recueillis en assemblée. Les registres sont là, qui font foi. Cela explique pourquoi on a pu considérer le plébiscite de l’an VIII comme un modèle du genre : la centralisation des résultats dans les bureaux du Ministère de l’Intérieur ayant montré une participation insuffisante, on sait comment Lucien Bonaparte arrondit les chiffres des départements et y ajouta les votes de l’armée censée avoir voté par acclamation. Ces manipulations seront renouvelées, mais dans une proportion nettement moindre, en 1802 et 1804. Selon une estimation faite par Malcolm Crook, à partir des études les plus récentes consacrées à la fraude électorale, les plébiscites de 1800 et de 1815 peuvent être mis sur le même plan, avec une participation réelle qui n’aurait pas dépassé 22 %, alors que ceux de 1802 et 1804 sont un incontestable succès pour le régime, avec respectivement 47 et 42 %, scores nettement supérieurs à ceux enregistrés pendant la Révolution pour des consultations de même type"

My translation: "The systematic written recording of votes isn't without danger to the regime, because it is no longer possible, as it previously happened, to perform an advantageous count by lumping whole assemblies into a favourable vote even though they contain dissenters. This is why the plebiscite of the Year VIII (what this thread's original question mentions as 'the 1804 French constitutional referendum') has been considered as a model of its kind: because of the centralization of results in the office of the Ministry of Interior having shown insufficient participation, it is known how Lucien Bonaparte rounded the département-level numbers and added army vote that was supposed to be expressed by proclamation - not by regular electoral counting. According to estimates performed by Malcolm Crook using the most recent studies of electoral fraud, the 1800 and 1815 plebiscites can be considered on similar standing, with voter participation not exceeding 22% whereas those of 1802 and 1804 are incontestable regime successes with turnout at 47 and 42% respectively - well above those recorded during the Revolution for similar electoral processes"

Source: Malcolm Crook, « Confiance d’en bas, manipulation d’en haut : la pratique plébiscitaire sous Napoléon », dans Philippe Bourdin et alii (dir.), L’incident électoral de la Révolution à la Ve république, Clermont-Ferrand, Presses universitaires Blaise Pascal, 2002, p. 77-87, cited by "La survivance d’un système électoral sous le Consulat et l’Empire" - Josiane Bourguet-Rouveyre

So one may infer that the counting, though slightly doctored as the source mentions, has followed due process and that turnout is satisfactory. On the other hand, I have not found whether the circumstances of individual votes made them subject to pressure. What is known though is that the vote followed a procedure of secret ballot - so egregious cases of voter pressure can be ruled out, as explained by Serge Aberdam, Serge Bianchi & al. in "Voter, élire pendant la Révolution française, 1789-1799" Paris, CTHS, 1999, page 40 : « Le scrutin individualisé se pratique depuis les premières assemblées élisantes de la période révolutionnaire ; mais le vote secret par bulletins ne devient obligatoire qu’en 1795. Auparavant, des alternatives au vote secret étaient tolérées, notamment le vote à haute voix ». My translation: "The practice of individual vote takes place since the first electoral assemblies during the revolutionary period; but secret ballot only becomes mandatory in 1795. Before that, alternatives were tolerated such as voting by speaking aloud".

TL;DR: the vote was fixed, but only marginally.